C.J Fang's Blog
技术拯救世界!

在Ubuntu上安装QIIME 2

以下教程搜集于互联网,仅备忘。

确保你在Ubuntu系统下,且保持比较好的网络链接状态。(博主用例为Ubuntu 16?在阿里云)

首先确定一下你服务器上的Python是否已经安装(阿里爸爸的用户就不用进行安装啦~已经装好了),获得root权限后执行

python -V

然后推荐使用miniconda软件管理器进行安装QIIME一系列的依赖关系

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh //获取miniconda
chmod +x Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh //提高权限
./Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  //执行脚本,然后会出现一堆协议。愿意看的化可以看看
//关闭终端Or重新建立SSH连接
conda update conda //升级conda到最新版本,防止后面出现Bug
conda create -n qiime2-2017.10 --file https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2017.10-conda-linux-64.txt
//注意,现在QIIME还是属于beta Version预计明年可以上线正式版本,上面的日期都可以用最新的日期进行替换以获得更好的稳定性
//这个过程大概需要半个小时,耐心等待
source activate qiime2-2017.10 //激活环境
qiime --version //显示版本,测试是否安装成功 按照上面的步骤应该就成功了,不成功请Google
// QIIME进行分析
source deactivate //关闭环境

完整的步骤就是这样了。仅供参考。对,可以在windows 10上试试自带的Ubuntu,听说磁盘性能稀烂。想偷懒的朋友们可以试试看。

评论 抢沙发

  • 昵称 (必填)
  • 邮箱 (必填)
  • 网址